De transformatie van Baños de la Reina tot een plek voor christelijke eredienst wordt weerspiegeld in de bouw van een primitieve kerk en een necropolis ad sanctus boven een deel van huis 1.
Aan de westkant, aan de voet van de kerk, werd een vrijstaand baptisterium gebouwd. Het heeft de vorm van een Grieks kruis en is bedekt met opus signinum mortel, met een trede die naar beneden leidt in elk van de armen.
De begrenzing van de kerk valt samen met de indeling van de noordelijke kamer van huis 1, wat betekent dat het profiteert van de centrale exedra en marmeren bestrating. Hierboven tonen twee stenen sarcofagen die van noord naar zuid zijn gerangschikt de heiligheid van de omheining.
Elementen zoals een granieten zuil en de micrite kalksteen drempels vertegenwoordigen enkele van de materialen die in dit religieuze gebouw zijn getransformeerd en hergebruikt.