El conjunt d'estructures relacionades amb el culte cristià de Banys de la Reina el configuren, fins al moment, un total de 23 inhumacions.
Les tombes es van excavar tant dins dels murs de l'església com en altres habitacions adjuntes, trencant a vegades els sòls de mosaic i de marbre de la vivenda 1.
Es tracten, en la seua majoria, d'enterraments en cista amb coberta de lajas de pedra.
També trobem tombes denominades "cupa", de tradició nord-africana, les quals es caracteritzen per estar cobertes per una gruixuda capa de morter hidràulic o "signinum", la massa del qual està feta amb xicotets fragments ceràmics amb cronologia dels segles VI i VII d.C.
Encara que escassos, els depòsits funeraris confirmen esta cronologia.